PLS-DA/OPLS-DA二维图

不同于主成分分析（ PCA）法，Partial Least Squares Discrimination Analysis，(PLS-DA）或 Orthogonal PLS-DA，(OPLS-DA）是一种有监督的判别分析统计方法。该方法运用PLS-DA建立代谢物表达量与样品类别之间的关系模型，来实现对样品类别的预测。分别建立两两分组比较的PLS-DA模型（图1）或OPLS-DA模型（图2），模型得到的参数评价会以表格形式提供。其中R^2X和R^2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率，Q2标示模型的预测能力，理论上R^2、Q^2数值越接近1说明模型越好，越低说明模型的拟合准确性越差，通常情况下，R^2、Q^2高于0.5 (50%)较好，高于0.4即可接受，且两者差值不应过大。临床样本由于个体差异大，不可控，尤其大样本时，R^2、Q^2大小为0.2左右亦可。图3则是对PLS-DA模型（c）的检验，直线的斜率大，Q^2的截距为X，说明PLS-DA模型没有过拟合。同时通过计算变量投影重要度（ Variable Importance for the Projection, VIP）来衡量各代谢物的表达模式对各组样本分类判别的影响强度和解释能力， 从而辅助标志代谢物的筛选（通常以 VIP值 > 1.0 作为筛选标准）（图4）。
 图1 假手术组和模型组的
PLS-DA 得分图图2 假手术组和模型组的OPLS-DA模型
图 3 PLS-DA模型的排列检验图
图 4 假手术组和模型组的PLS-DA 模型载荷图
注：红框所圈的点为VIP＞1的代谢产物
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北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）成立于2015年，是国家级高新技术企业，业务范围主要围绕蛋白和小分子代谢物检测两大板块，从事蛋白质和小分子代谢物的理化性质分析及结构解析等相关技术服务，为客户提供高性价比、高效率的技术服务。深耕蛋白鉴定、定量蛋白组（iTRAQ/TMT、label free、DIA/SWATCH）、PRM靶蛋白定量、蛋白和抗体测序、蛋白修饰（二硫键、糖基化、磷酸化、乙酰化、泛素化等）、靶向和非靶向代谢物检测。

百泰派克生物科技检测平台包括：检测分析平台、蛋白质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋白质从头测序平台、生物制药分析平台和流式细胞多因子检测平台。公司拥有独立的质谱实验室、色谱实验室、细胞培养室和免疫学实验室，以及高分辨率质谱仪和高效液相色谱。目前已与国内外多家药物研发企业，以及哈佛大学、北京大学在内的国内外高校建立了合作关系，协助客户发表了多篇中英文文章，包括Cell等多家高水平期刊。

公司自主检测平台发展至今，已覆盖蛋白质组学、代谢组学、生物制药、生信分析等多组学检测平台，积累了丰富的实践经验，凭借专业的技术和优质的服务水平，客户覆盖北京大学、清华大学、中科院等多所知名院校，也与国内外多家药物研发企业建立合作关系。公司始终致力于为各科研院校、企业和机构提供高效、准确、高性价比的蛋白质（组）研究技术包裹，助力客户在基础研究、分子诊断及其他生命科学研究领域取得突破，为生命科学的发展做出贡献。

 

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