代谢组学常见问题与解答（二）

Q1.靶向代谢组学加内标多少？

A:

靶向代谢组学分析中内标的添加量取决于多种因素，包括样品类型、分析方法、仪器灵敏度以及目标代谢物的浓度范围。下面是一些一般性指导原则可供您参考：

 
1、选择合适的内标

• 同位素标记的内标：使用与目标代谢物结构相似但质量不同的同位素标记内标。
• 结构类似的内标：如果没有同位素标记内标，可以选择结构类似的化合物作为内标。
   

2、内标添加量的确定

• 标准曲线法：在已知浓度范围内制备内标的标准溶液，并将其添加到样品中，确保内标的浓度在分析方法的线性范围内。
• 经验值：根据以往经验和文献资料，选择一个适当的内标添加量。通常，内标浓度应与目标代谢物的浓度相近，以确保定量分析的准确性。
   

3、具体步骤

• 样品制备：在样品处理的早期阶段添加内标，以补偿样品处理和分析过程中的损失和变化。
• 浓度范围：内标的浓度应在目标代谢物预期浓度范围内，一般为目标代谢物浓度的10-100倍，以确保可靠的定量结果。

Q2.代谢物鉴定用的什么软件，如何保证鉴定结果的准确性？

A:

一、代谢物鉴定用的软件

代谢物鉴定用的软件有MZmine、XCMS、MetaboAnalyst、Compound Discoverer等，下面简要介绍一下这几种软件的用途：

1、MZmine

开源的质谱数据处理平台，用于处理质谱数据，包括数据清洁、特征检测、对齐、归一化等。同时，它提供了与在线化合物数据库（如 PubChem、ChemSpider等）的接口，可以用于代谢物鉴定。

2、XCMS

开源的生物质谱数据处理软件，用于处理液质联用（LC-MS）和气质联用（GC-MS）的数据，包括峰检测、峰对齐、峰匹配等，在R语言环境中使用。

3、MetaboAnalyst

提供网页版和R语言版的代谢组学分析平台，可以进行数据预处理、统计分析、功能分析和数据注释等。

4、Compound Discoverer

Thermo Fisher公司开发的一款代谢物发现软件，可以进行代谢物注释、代谢途径分析等。

二、保证鉴定结果的准确性

代谢物鉴定的准确性不仅取决于软件的选择，还需要通过以下几个步骤来保证：

1、数据质量

高质量的原始数据是保证鉴定准确性的基础；例如需要高质量的质谱图谱，良好的色谱分离。

2、参数设定

在使用软件进行鉴定时，正确的参数设定是保证准确性的关键；例如，峰检测的阈值、质谱匹配的容差等。

3、数据库比对

根据质谱数据和已知的代谢物数据库进行比对，可以提高鉴定的准确性；常用的数据库包括HMDB（人类代谢物数据库）、Metlin、KEGG（生物代谢途径数据库）等。

4、实验验证

对于重要的或者疑难的代谢物，可以通过购买标准品进行实验验证，以进一步提高鉴定的准确性。

Q3.现在有能做巴戟天多糖代谢组的方法吗？

A:

对于巴戟天多糖代谢组的研究，现今主要采用的方法包括高效液相色谱-质谱（HPLC-MS）以及气相色谱-质谱（GC-MS），适用于不同类型的样品。

1、液相色谱-质谱联用（LC-MS）

• 原理：将样品中的代谢物通过液相色谱分离，然后进入质谱仪进行检测。
• 优势：高灵敏度、高分辨率，适用于复杂样品的分析。
• 应用：适用于多种代谢物的检测，包括小分子代谢物和多糖。
   

2、气相色谱-质谱联用（GC-MS）

• 原理：样品经过衍生化处理后通过气相色谱分离，然后进入质谱仪进行检测。
• 优势：高灵敏度，适用于挥发性和半挥发性代谢物的检测。
• 应用：适用于检测经过衍生化处理的多糖片段。

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