代谢组学常见问题与解答（三）

Q1.测淀粉ATR突变体淀粉在1045,1022,995cm-1峰强度均增强，但1045/1022和1022/955比值无变化说明什么？

A:

你的观察结果表明，虽然突变体淀粉在1045, 1022, 995 cm-1处的峰强度均增强，但相对比值（1045/1022以及1022/955）没有改变。

先来解读一下这些峰值和比值代表的含义。在红外光谱中，1045 cm-1、1022 cm-1和995 cm-1的峰主要对应于淀粉中的某些键的振动模式，通常是C-O-C或C-OH键的振动。比值1045/1022通常被用来反映淀粉分子的有序程度，比值越大，有序度越高。1022/955的比值则被看作是淀粉粒的有序结构的指标。

对于你的结果，有几个可能的解释：

1.峰强度的增强可能意味着突变体淀粉的含量增加。这可能是由于突变导致淀粉的生物合成增加，或者是突变体淀粉的稳定性增强，降解减少。

2.虽然峰强度增强，但相对比值（1045/1022和1022/955）没有变化，这意味着突变并未改变淀粉的有序程度和有序结构。也就是说，尽管突变可能影响了淀粉的数量，但它并未改变淀粉分子的结构。

3.另一种可能是，这些峰的强度增强是由于突变体淀粉的某些化学性质（如羟基数量）发生了改变，这导致了红外吸收的增强。但是，这些改变并未改变淀粉的有序程度和结构，所以比值没有变化。

这些结果可能表明，尽管突变可能影响了淀粉的数量或者某些化学性质，但并未改变淀粉的有序程度和结构。然而，为了得到更准确的解释，可能需要进一步的实验和数据分析。

Q2.如果提取的多糖里含有蛋白，会影响单糖组成和核磁的结果吗？

A:

提取的多糖样品中如果含有蛋白质，可能会对多糖的化学和生物学性质分析，包括单糖组成分析和核磁共振（NMR）谱分析产生影响。

1.单糖组成分析：

这是通过酶或酸水解多糖，然后分析生成的单糖的种类和比例。蛋白质的存在可能会干扰这种分析。因为蛋白质在酸环境下也可能发生水解，生成氨基酸，这些氨基酸可能会与单糖进行混淆，影响检测结果。

2.核磁共振（NMR）谱分析：

核磁共振谱是一种可以提供关于分子结构详细信的强大的分析技术。蛋白质存在可能会干扰多糖的NMR谱分析。因为蛋白质和多糖在NMR谱上可能会有重叠的峰，这会使得分析变得复杂。另一方面，蛋白质可能会与多糖发生相互作用，这可能改变多糖的化学环境，从而改变其NMR谱。

为了获得准确的单糖组成分析和NMR谱分析结果，最好在分析之前对样品进行纯化，去除可能的蛋白质污染。如果无法进行纯化，那么可能需要使用额外的分析技术，例如二维NMR，以区分多糖和蛋白质的信号，或者使用蛋白酶进行处理，去除蛋白质污染。

Q3.用琼脂糖胶测多糖分子量的方法步骤？

A:

琼脂糖凝胶电泳 (Agarose Gel Electrophoresis, AGE) 是一种常见的用于测量和分离多糖、DNA和RNA等大分子的方法。以下是使用琼脂糖胶进行多糖分子量测定的基本步骤：

1.准备琼脂糖凝胶：

琼脂糖胶的制备通常涉及将特定百分比的琼脂糖（通常在0.5%至2%之间，取决于目标分子的大小）加入到适当的缓冲液中（如TAE或TBE），然后加热至沸腾直到琼脂糖完全溶解。再将琼脂糖溶液倒入凝胶模具中，模具上方放置好样品槽的梳子。等待凝胶冷却和凝固。

2.加样：

在琼脂糖胶凝固后，小心的取出样品槽梳子，并将凝胶转移到电泳槽中，加入电泳缓冲液，然后将多糖样品加入到样品槽中。同时，也要加入已知分子量的标准品，这将用于之后的分子量计算。

3.进行电泳：

加好样品后，最好等样品聚集到样品孔的底部后，接上电源。根据分子大小和琼脂糖浓度，设定合适的电压，并开始电泳。通常，大分子在凝胶中迁移的速度慢于小分子。

4.染色和显影：

电泳结束后，用适当的染料（如碘化钾-碘溶液）对凝胶进行染色，然后进行显影，使多糖条带可视化。

5.分析结果：

通过对比样品和已知分子量的标准品的迁移距离，可以计算出你的多糖样品的分子量。一般来说，迁移距离和分子量呈对数关系，可以通过制作标准品的标准曲线来计算样品的分子量。

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

技术服务一览图