多组学整合分析常见问题与解答（十二）

Q1.无参转录组筛出来的差异基因能直接设计引物跑qpcr吗？都是同一个材料，能直接跑还是需要克隆？

A:

无参转录组筛选出来的差异基因可以直接用于设计引物进行qPCR验证，不必进行克隆。你需要做的是基于差异表达基因的序列信息设计特异性引物，然后在相同的材料中通过qPCR验证这些基因的表达差异。确保引物的设计针对的是转录组数据中鉴定的特异区域，且要验证引物的特异性和效率，以确保qPCR结果的准确性。这个过程通常不需要通过克隆基因来进行。

Q2.做有参的转录组对比到参考基因组对比度只有38%，然后重新做了无参转录组。能直接用无参的数据，筛出来的基因做qpcr吗？

A:

对于后续的qPCR实验，可以直接使用无参转录组筛选出的基因。但是需要注意的是，由于无参转录组的数据是通过 de novo 组装得到的，可能会存在一些假阳性结果，因此在做qPCR实验前，最好先进行一些验证实验，例如Sanger测序，来确认这些基因的存在。

Q3.蛋白质与miRNA靶点的交叉分析用什么平台可以做？

A:

蛋白质与miRNA靶点的交叉分析通常需要综合使用多个数据库和分析平台，常用的主要包括：

1.TargetScan：

TargetScan是一个预测哺乳动物miRNA靶点的数据库，可以用来识别miRNA通过基因的3'UTR区域靶向的潜在靶标。用户可以通过查询特定的miRNA来查找其可能的靶标基因，并进一步分析这些基因编码的蛋白质。

2.miRDB：

这是一个在线数据库，用于miRNA靶点预测和功能注释。它允许用户通过输入特定的miRNA或基因名来搜索靶标预测结果。

3.miRTarBase：

这是一个综合性的数据库，收录了实验验证的miRNA与靶标之间的相互作用。通过这个平台，研究人员可以找到特定miRNA的已验证靶标，以及相关的支持证据。

4.DAVID Bioinformatics Resources：

虽然DAVID主要用于基因的功能注释，但它可以与上述工具结合使用，来进行基因集的功能和通路分析。当通过其他工具识别了miRNA的潜在靶标后，DAVID可以用来分析这些靶标蛋白质可能参与的生物学过程和通路。

5.Cytoscape：

一个开源软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物途径。配合miRNA和蛋白质数据，Cytoscape可以用来构建和分析蛋白质-miRNA相互作用网络。

6.MirWalk：

一个综合数据库，提供miRNA靶位点的预测及实验验证数据，覆盖人类、小鼠和大鼠三个物种。它允许用户针对特定基因或蛋白质进行miRNA靶点分析。

使用这些工具和数据库，研究人员可以进行蛋白质与miRNA靶点的预测和验证，进而分析它们之间的交叉调控关系。这些分析对于理解蛋白质和miRNA在细胞内的功能和相互作用至关重要，有助于揭示复杂的生物学调控机制。

Q4.土壤放-20度可以放多久？要做转录和代谢。

A:

在-20度的条件下，土壤样本可以存放一段时间，但这个时间长度取决于您希望分析的转录和代谢物的稳定性。通常，为了保持RNA和代谢物的稳定性，推荐以下几点：

1.转录分析

RNA在土壤样本中相对不稳定，因此，尽量在采样后立即进行RNA提取或使用RNA稳定剂处理后冷冻。如果必须冷冻，建议使用-80°C保存，如果只能使用-20°C保存，时间最好不超过2-3周。

2.代谢物分析

对于做代谢物分析土壤样品，存放时间可以稍长，一般代谢物在-20°C下可以稳定数周到数月，但对于长期存储，同样推荐使用-80°C以更好地保持样本的化学完整性。

所以，尽管-20°C可以用于短期存储，为了最佳的转录和代谢分析结果，推荐您使用-80°C存储，并尽快处理样本。

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目