代谢组学常见问题与解答（四）

Q1.请问怎么从想研究的代谢通路推出关键代谢物呢？代谢物可以和微生物相关联吗？

A:

要想从某个代谢通路推出关键代谢物，通常可以从以下几个方面入手：

1.关键代谢通路：

对代谢通路的深入理解可以帮助你确定关键的代谢物。你可以特别注意那些在通路中起决定性作用的步骤，例如不可逆的步骤，或者控制通路流量的分支点。

2.关键代谢物：

对于某些特异的代谢物，例如只在某一种生物或者某一种特定条件下产生的代谢物，也可能是关键代谢物。

3.重要的实验数据：

代谢组学或者转录组学等大数据可以提供关于代谢物丰度变化或相关基因表达变化的信息，有助于确定关键代谢物。

代谢物和微生物的关联性非常高，特别在微生物生态系统中，微生物通过各种代谢过程来获取能量，包括利用各种不同的代谢物。此外，微生物的生长和代谢活动会产生大量的代谢物，这些代谢物会对环境和其他微生物产生影响。例如，一些微生物会产生抗生素这种代谢物，用来抑制其他微生物的生长。

此外，某些代谢物也可以用来判断微生物的种类和活性。例如，不同种类的细菌会产生不同的代谢物，这些代谢物的存在可以作为识别细菌种类的标志。也有一些代谢物，例如ATP，可以作为测量微生物活性的指标，因为ATP的含量通常和微生物的生长活性密切相关。

Q2.代谢物按照vip p值筛选的是有二级质谱信息的吗？没有鉴定出来要先剔除吗？二级做的不好，只比对上几十种，可不可以先筛选再鉴定？

A:

在代谢组学的分析过程中，确实通常需要进行一些筛选来确定最重要或最相关的代谢物。在一些情况下，VIP (Variable Importance in Projection)值和p值常被用来作为筛选的一依据。通常，VIP值用于在PLS-DA (Partial Least Squares Discriminant Analysis)模型中确定最重要的变量，而p值则用于确定变量的统计学显著性。

然而，VIP值和p值是针对所有已测定的代谢物的，无论它们是否有二级质谱信息。这就意味着，如果某些代谢物在初步的质谱分析中没有被鉴定出来，它们仍然可能会在这个步骤中被考虑和计算。

关于你的问题，是否要在筛选之前剔除没有被鉴定出来的代谢物，这其实取决于你的研究目标和你使用的数据分析策略。一般来说，如果你的目标是寻找特定的、已知的代谢物与研究的现象或条件的相关性，那么可能会选择剔除那些没有被鉴定出来的代谢物。然而，如果你的目标是探索性的，或者你希望找出可能的新的或未知的代谢物，那么你可能会选择保留这些没有被鉴定的代谢物，以便在后续的分析中对它们进行进一步的探索和研究。

对于你说的二级质谱做得不好，只比对出几十种，这其实是一个常见的问题。二级质谱的鉴定困难，成功率低，因为需要和已知的数据库进行比对，而这些数据库可能并不全面，或者说测量条件、仪器等因素可能造成误差，使得比对结果不理想。你提出的“先不鉴定，先按照vip p值筛选，筛选完了再鉴定”这种方法是可行的，可以通过这种方式先筛选出重要的代谢物，然后再进行深入的鉴定。这也是代谢组学研究中常见的做法。

Q3.请问Trichloroacetic Acid Method除蛋白对多糖结构影响大吗？

A:

Trichloroacetic Acid Method是一种常用的蛋白质沉淀方法，用于从生物样品中分离和富集蛋白质。尽管这种方法对蛋白质的沉淀效果很好，但它可能对多糖结构产生一定影响。

TCA 是一种强酸，它可能破坏多糖结构中的酸敏感键，如酯键和糖苷键。此外，由于 TCA 可以降低 pH 值，它可能会导致多糖结构发生部分变性和聚合。然而，这种影响取决于多糖的结构、浓度、sān lǜ yǐ suān的浓度以及处理过程中的温度等因素。

在某些情况下，TCA 对多糖结构的影响可能较小，因此可以通过适当的实验设计和操作来减小其对多糖结构的潜在影响。例如，可以在蛋白质沉淀后，通过适当的方法去除 TCA，如多次洗涤或适当的缓冲液平衡等。

总的来说，sān lǜ yǐ suān fǎ可能对多糖结构产生一定的影响。如果要研究多糖结构，建议尝试其他更温和的方法来分离和纯化多糖，比如使用柱层析、凝胶渗透层析、离子交换层析等方法。在选择实验方法时，请务必考虑到所研究的多糖的特性，以便选择最适合的实验方案。

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