多组学整合分析常见问题与解答（九）

Q1.真核桔梗无参转录组测序筛选出关于倍半萜和三萜合成途径的差异基因之后,怎么在kegg官网的代谢图中注释出来呢?

A:

对于无参转录组数据和非模式物种（如真核桔梗）在KEGG代谢通路图中进行基因注释的问题，我们为您提供以下解决方法步骤：

1. 基因功能预测

首先，使用BLAST比对（比如BLASTx）将您的转录本序列与已知的蛋白质数据库（如NCBI non-redundant或UniProt）进行比对，以预测您的转录本可能编码的蛋白质的功能。

2. 寻找KO号

通过BLAST结果，找到与您的转录本序列相似性较高的已知蛋白质，参考这些蛋白质的KO（KEGG Orthology）编号。这些KO编号对应于特定的生物化学反应或通路步骤。

3. 使用KEGG API或工具

KEGG提供API接口和一些工具，可以通过KO号来获取KEGG通路图并进行自定义标记。使用这些工具，您可以将已经得到的KO号映射到特定的KEGG通路图上。

4. 手动注释通路图

如果自动化工具不能满足需求，您可以下载KEGG通路图的图片，并使用图形编辑软件（如Adobe Illustrator或免费软件Inkscape）手动添加注释。这需要您准确知道哪些基因或蛋白质涉及特定的通路。

5. 通路重建软件

使用专门的生物信息学工具，如Pathway Tools软件中的Pathway Tools Omics Viewer，它可以根据您提供的KO号来构建通路图，这种方法可以自动地将您的数据集成到通路分析中。

6. 考虑替代数据库

如果KEGG的覆盖度对于您的物种不足，可以考虑使用其他功能注释数据库如MetaCyc或Reactome，这些数据库也提供了丰富的代谢通路信息和一些通路重建工具。

通过上述步骤，非模式物种或无参考基因组的数据都能够在KEGG等数据库中有效地进行通路注释和分析。

Q1.真核无参转录组测序：unigene和.cds有什么区别？

A:

Unigene和CDS在真核无参转录组测序中分别代表了不同的概念和数据类型。

1.“Unigene”:

Unigene是一个用于基因注释的数据库，通过整合多个来源的EST和mRNA序列来构建，并按照基因进行聚类和分类。该数据库主要用于提供基因序列和相关注释信息的整合和分类，有助于研究人员更深入地理解基因的结构和功能。

2.“CDS” (Coding Sequence): 

CDS则是指编码序列，即从起始密码子到终止密码子的所有序列，通过生物信息学方法预测和分析得到。通过CDS序列的预测和分析，研究人员可以了解基因编码的蛋白质序列，从而进一步探究基因的功能和调控机制。

简而言之，Unigene表示从RNA测序数据组装的独特转录本集，反映基因表达的多样性；而CDS是从Unigene中识别的编码蛋白质的序列部分，重点用于基因功能和蛋白结构的研究。

Q1.三代全长16s应该用什么软件分析？有推荐吗？

A:

通过三代测序技术得到16S rRNA全长序列后，可以使用以下这些软件进行数据分析：

1.QIIME 2

广泛用于微生物组数据分析，支持从质量控制到操作分类单元（OTU）分析和多样性评估的全流程。

2.Mothur

同样适用于16S rRNA序列数据的分析，提供了一套完整的工具来处理序列数据。

3.DADA2

可以整合进QIIME 2，特别适合处理高精度的长读序列数据，用于识别和校正测序错误，生成精确的序列变体。

4.CANU

特别适合长读序列的拼接和校正，用于提高测序数据的质量。

在选择合适的软件时，您需要考虑数据的特点和实验的具体目的。QIIME 2和Mothur可以提供较为全面的生态学分析工具，而DADA2和CANU则在序列处理方面表现优异。

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