多组学整合分析常见问题与解答（十）

Q1.如果普通转录组测序送样质检后部分样品不合格可以重新补送这几个样本吗？和之前合格的还能算成一批分析吗？

A:

普通转录组测序中若部分样品质检不合格，完全可以单独补送这些样品，补送的样本在技术流程和数据分析上仍可与之前合格样本合并分析，但需注意以下几点以保证数据质量一致性：

一、实验层面建议

1、补送样本的RNA提取与纯化流程

（1）务必保持与首次送样一致的提取方法与试剂（如TRIzol、柱法等）以避免样本间批次差异。

（2）RNA完整性（RIN值）和纯度指标（A260/280、A260/230）仍需达到建库标准。

2、建库与测序安排

（1）推荐将补送样本与初次合格样本使用相同文库构建试剂盒和测序平台（如Illumina PE150）；

（2）如时间间隔不长，平台一般可以安排使用同一批次试剂建库并同机上机以降低batch effect。

二、数据分析层面建议

1、合并分析的可行性

（1）只要测序平台和策略一致可以作为一批次进行联合分析（如DESeq2、edgeR分析差异表达）；

（2）补送样本的FastQ文件可直接纳入与原样本一起统一比对、定量与标准化处理。

2、如存在不可避免的建库或上机批次差异，应在分析中引入batch effect 校正策略，例如：

（1）使用ComBat（sva包）、removeBatchEffect（limma包）；

（2）或在差异分析模型中显式加入“batch”因子。

Q2.请问对于野外采样测转录组实验，野外采样有何要求？比如我是否需要带橡胶手套采样，并且采的样需不需要经过处理再放入液氮罐？

A:

对于野外采样测转录组实验，野外采样一般有以下要求：

1. 采样工具：

采样时需使用无菌的工具，避免对样品造成污染。若是对植物进行采样，建议使用不锈钢剪刀；对动物进行采样，需使用尖头镊子或手术刀。所有的工具都需要事先用酒精擦拭消毒。

2. 个人防护：

为了防止人为的污染，采样人员需要穿着实验服，并佩戴口罩和一次性橡胶手套。在采样过程中，需要尽量避免接触样品。

3. 采样处理：

采样后，应尽快进行处理。如果野外条件允许，可以直接在野外进行RNA提取。如果条件不允许，需要将样品放入液氮中迅速冷冻，然后尽快送回实验室进行后续处理。

4. 样品储存：

冷冻后的样品应尽快送回实验室，放入-80℃的超低温冻存箱中储存，以防止RNA降解。

5. 采样记录：

每次采样都需要记录详细的采样信息，包括采样时间、地点、样品类型、样品数量等。

野外采样测转录组实验的野外采样需要严格的操作规范和保存条件，以确保采集到的样本可以准确反映其原始状态的转录组信息。

Q3.只有代谢物的分析结果怎么可以与蛋白质联系起来? 用metaboanalysis可以吗？

A:

将代谢物的分析结果与蛋白质联系起来，主要是通过理解代谢物在生物学途径中的角色以及这些途径是如何被相应的酶（蛋白质）调控的。具体方法如下：

1. 代谢途径和信号通路分析：

通过识别代谢物和蛋白质（特别是酶和调节蛋白）参与的共同代谢途径和生物学信号通路，可以将两者联系起来。使用KEGG、Reactome等数据库可以揭示代谢物和蛋白质在特定生物学过程中的角色。

2. 整合分析平台：

使用如Ingenuity Pathway Analysis (IPA)等整合分析平台，可以同时分析蛋白质组学和代谢组学数据。这些平台能够识别两种类型数据之间的潜在联系，并揭示它们在生物学通路中的作用。

虽然MetaboAnalyst主要专注于代谢组数据的统计分析、数据挖掘、代谢途径分析和功能解释，但通过识别关键代谢途径并进一步研究这些途径中的酶（蛋白质），可以将代谢物分析结果与蛋白质联系起来。

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